ฉลามวาฬมีตัวใหญ่มหึมา โดยตัวโตเต็มที่อาจยาวถึง 50 ฟุต (15 เมตร) นับเป็นปลาที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในโลกนี้ในปัจจุบัน

และมีหัวที่ใหญ่โตมากเมื่อเทียบกับขนาดลำตัว ความกว้างของปากใกล้เคียงกับความกว้างของหัว มีปากที่ตำแหน่งด้านหน้าของหัว ซึ่งต่างจากฉลามโดยทั่วไปที่มีปากอยู่ในตำแหน่งด้านล่าง ใช้เหงือกในการหายใจ มีช่องเหงือก 5 ช่อง มีครีบอก 2 อัน ครีบหาง 2 อัน และ ครีบก้น(หาง) 1 อัน

หางของปลาฉลามวาฬอยู่ในแนวตั้งฉาก และโบกไปมาในแนวซ้าย-ขวา

ส่วนท้องของปลาฉลามวาฬมีสีขาว หรือเหลืองอ่อน และในส่วนลำตัวมีสีตั้งแต่สีเทาดำ จนถึงสีน้ำตาลแดง หรือน้ำตาลออกเขียว ที่ด้านหลังและ ด้านข้าง รวมถึงผิวด้านบนเหนือครีบหน้า (Pectorals) ฉลามวาฬจะมีจุดกลม ๆ ถี่ ๆ สีขาว หรือสีเหลือง เรียงเป็นแนวตามลำตัว จุดเล็กที่สุดจะอยู่บริเวณหัว ที่อื่น ๆ ซึ่งจุดเหล่านี้ใช้ในการระบุตัวของปลาฉลามวาฬได้ โดยแต่ละตัวจะมีจุดที่แตกต่างกันออกไปเป็นอัตลักษณ์ประจำตัว

และอาจมีแถบเส้นแคบ ๆ สีขาว หรือ สีเหลืองพาดตามขวาง จุดสีขาวเหลืองกระจายอยู่ทั่วไป

ฉลามวาฬขนาด 480 นิ้ว (1,200 เซนติเมตร) จะมีน้ำหนักประมาณ 12,500 กิโลกรัม

ฉลามวาฬแตกต่างจากปลาฉลามกลุ่มอื่น ๆ ตรงที่ ลักษณะของหัวซึ่งกว้างมาก เหมือนพวก Orectolobiform sharks อื่น ๆ มีปากกว้างอยู่ด้านหน้าของของหัว ช่องเปิด olfactory opening จะอยู่เหนือริมฝีปากบน ซ่อนอยู่ในร่องโพรงจมูก มีเส้นขน barbel อยู่ภายในร่อง คล้ายกับฉลามอีกพวก หนึ่งคือ carpetshark family พวก Nerse sharks คือวงศ์ Ginglymostomatidae ตาของฉลามวาฬจะมีขนาดเล็ก และตั้งอยู่ด้านหลังของมุมปาก (ขากรรไกร) ฉลามวาฬจะปิดตาของมันโดยการหมุนนัยน์ตา และดูดมันกลับไปสู่ที่หัวของมัน

ผิวหนังด้านหลังของฉลามวาฬจะหนากและเหนียวกว่าสัตว์ชนิดอื่น ๆ ในโลก ผิวชั้นนอกถูกปกคลุมทับซ้อนกันระหว่างเกล็ดแข็ง ๆ ที่สารคล้ายสารเคลือบฟัน (dermal denticles) เป็นเสมือนชุดเกราะจริง ๆ เกล็ดแต่ละอันมีขนาดกว้าง 0.5 มิลลิเมตร ยาว 0.75 มิลลิเมตร แต่ละอันจะมีปลายแหลมยื่นออกมาลู่ไปทางด้านหลัง หนังชั้นในถัดลงไปจะเป็นเนื้อเยื่อเกี่ยวพันซึ่งมีความหนาถึง 14 เซนติเมตร ส่วนหนังด้านท้องจะมีความอ่อนบาง และความหนาของหนังชั้นในจะมีความหนาเพียง 2/3 เท่าของความหนาของหนังด้านหลัง

ขอขอบคุณข้อมูลจาก
กลุ่มงานวิชาการ